Jako kaplan působil Pacner ve Velkém Meziříčí, Hodoníně a Dolních Bojanovicích. Od září roku 2007 byl administrátorem v Mutěnicích a v srpnu 2011 nastoupil k duchovní službě do Mikulova.

Kolegiátní kapitulu u svatého Václava v Mikulově založil kardinál František z Dietrichštejna v roce 1625. Vedle mikulovské kapituly jsou na Moravě další tři. A to v Brně, Olomouci a Kroměříži.